Bentuk logo keseluruhan melambangkan institusi Muzium
Tamadun Islam Sabah, di bawah pentadbiran Muzium Sabah.

Bentuk logo asal Muzium Sabah mengandungi ciri-ciri seni budaya Negeri Sabah. Tangan mengangkat di bawah, dan bumbung menutup di atas melambangkan institusi pemelihara dan pelindung khazanah Tamadun Islam di Sabah.

Bentuk bumbung bangunan Muzium Sabah digabungkan dengan rekabentuk kubah yang memanifastasikan fungsi dan hubungan bangunan Muzium Sabah dan Muzium Tamadun Islam Sabah.

Bentuk buku melambangkan kitab suci Al-Quran dan khazanah sejarah lain yang berkaitan dengan Tamadun Islam di Sabah. Lima muka surat melambangkan Rukun Islam dan enam muka surat melambangkan Rukun Iman.

Rehal melambangkan artifak-artifak yang berkaitan dengan perkembangan Islam di Negeri Sabah.

Warna hijau melambangkan institusi sejarah Tamadun Islam
yang terus berkembang

Warna kuning melambangkan kekayaan dan khazanah institusi Muzium Tamadun Islam Sabah.